Se ha comprobado que el consumo de alimentos transgénicos puede afectar directamente en nuestros organismos en relación a estos puntos:

Alergias: las alteraciones en las proteínas de los alimentos pueden generar reacciones alérgicas en nosotros. Por ejemplo, muchas personas consumidoras de soja, han desarrollado alergia a las nueces de Brasil (la soja está alterada con genes de la nuez de brasil). La alergia es una reacción del organismo (humano) en contra de una proteína extraña a él.

Transferencia genética y resistencia a los antibióticos: no se sabe qué efectos pueden producirse en nuestros organismos al introducir en nuestro tracto intestinal genes o células de bacterias, por ejemplo, resistentes a los antibióticos.

Toxicidad: la transferencia genética de ciertos seres, da lugar a otros seres tóxicos. Es decir, para hacer que un alimento sea resistente a X bacteria, se la altera para genere X toxina que la mantenga a salvo de los perjuicios de la bacteria, pero ¿qué efectos colaterales tiene esa nueva toxina en nuestro organismo o el medio ambiente?

La liberación de seres alterados genéticamente a la naturaleza, puede producir cambios irreversibles en especies, puede producir bacterias y enfermedades más agresivas y resistentes. También pueden erradicarse algunas especies de microorganismos para siempre, o disminuirse de manera exagerada la cantidad y calidad de insectos en una zona, afectando a su vez a pájaros u otros animales que se alimenten de ellos. Muchas especies vegetales son erradicadas y modificadas en pro de otras más prácticas y una cadena de estas pérdidas generaría irremediablemente una pérdida de biodiversidad y una modificación del medio ambiente.